Según las reseñas históricas a la llegada de los españoles, encontraron ya formado el poblado taino Jarabacoa, que significa “lugar de muchas aguas”, recibiendo su nombre debido a las proximidades de los ríos Yaque del Norte, Jimenoa, Baiguate y Guanajuma, entre otros.
El primer proceso migratorio se presentó en la época de conquista, cuando los españoles llegaron a la zona en búsqueda de oro y plata, pero en sus exploraciones de nuevo nichos, abandonan el lugar.

Posteriormente a inicios del siglo XIX se presentan nuevas migraciones, producto de las primeras invasiones de las tropas dirigidas por Toussaint Louverture. Para la misma época, debido al incendio y destrucción de La Vega, iniciado por Juan Dessalines en abril de 1805, sus habitantes emigran hacia otras ciudades vecinas y hacia las montañas, llegando un considerable número de ellos a Jarabacoa.

En 1854, Jarabacoa es erigido puesto militar en virtud de su posición estratégica en la comunicación entre el Cibao y el Sur. Para la fecha la población de Jarabacoa es estimada en 2000 habitantes y producto de la ocupación haitiana (1822-1844) muchos de sus hombres se destacaron como soldados brillantes de la gesta de Independencia. En 1858 Jarabacoa es elevada a la categoría de Común, mediante decreto promulgado por el Presidente Pedro Santana .

Para el año 1900 la República Dominicana era la potencia maderera más importante del continente americano y principal abastecedor de maderas nobles para Europa y Estados Unidos, siendo los recursos forestales el principal soporte de la economía nacional. Para desarrollar esta actividad, se introduce al país la máquina de vapor (1918), iniciándose la instalación de aserraderos en el corazón del Valle del Cibao y las estribaciones del pie de monte de la Cordillera Central para la explotación comercial del pino criollo (Pinus occidentalis) en bosques que permanecían intactos hasta la fecha . Esta situación produjo el establecimiento de aproximadamente 30 aserraderos en Jarabacoa, algunos de grandes empresas madereras y otros locales .

En 1959 fue asentada por Leónidas Trujillo una colonia japonesa conformada por 100 familias. Esta colonia se dedicó a la agricultura introduciendo nuevas técnicas y maquinaria en el oficio, que favorecieron a agricultores y dinamizaron la economía de Jarabacoa con el cultivo y venta de arroz y verduras, las cuales eran suministradas localmente, en La Vega, Santiago y Santo Domingo .

En las décadas de los 60 y 70 tres hechos cambiaron sustancialmente la actividad productiva de Jarabacoa: la Ley 197 de Reforma Agraria (1967), la paralización total de la explotación maderera (1967) y el Incentivo a la infraestructura turística (Ley 153, 1971). El primero, inicialmente, produjo cambios positivos para los campesinos, ya que pudieron acceder a terrenos y préstamos.

Si bien muchos de los aserraderos se habían trasladado a otras zonas del país, la explotación maderera había sido fuente de ingresos económicos del municipio por más de 50 años, así que la clausura de los aserraderos produjo cambios económicos y sociales, una parte de las familias campesinas que se dedicaban al corte de árboles migraron a la zona urbana y a otras ciudades, y otras iniciaron la producción de cultivos en sus tierras. De otra parte, se produjeron significativas reforestaciones que atrajeron inversiones y alentó la imagen ecológica del municipio.

El tercero, estimuló el turismo de veraneantes y un boom en la construcción de villas , existiendo para el año 1964, 40 cabañas o chalets de veraneo ubicadas en la parte alta y norte de la ciudad, cuyos propietarios provenían de Santo Domingo y varias ciudades del país. Para la fecha, Jarabacoa empieza a verse como destino turístico de montaña , el cual con el paso de los años se consolidaría.

En 1979, el paso del huracán David provocó grandes inundaciones y el río Yaque del Norte arrasó con cientos de viviendas ubicadas en sus orillas. Como respuesta a este desastre se construyeron en los años siguientes los puentes sobre los ríos Yaque, Jimenoa y Baiguate y los barrios Elías Santana y Barrio Blanco, que albergaron a los damnificados .

En la década de los 90, se fortaleció la vocación turística del municipio. En 1996 abrió sus puertas el proyecto Alpes Dominicanos y paralelamente finalizó la construcción de la carretera Jarabacoa-La Vega. En 1997 se fundó la Universidad Agroforestal Fernando Arturo de Meriño, ofreciendo entre sus carreras las ingenierías agroforestal y agronómica y la licenciatura en Turismo.

Hasta el año 2004 el municipio contaba con 9 secciones: Buena Vista, Manabao, Pinar Quemado, Jumunuco, Corocito, Estancita, Pedregal, Paso Bajito, Los Corozos. Mediante la Ley 149-04 se declara distrito municipal a Buena Vista y de igual manera a Manabao, mediante Ley 143-06 .

Teniendo en cuenta las potencialidades del municipio, a partir del año 2005 con apoyo de agencias internacionales, se conformaron los clústeres de Café, Invernaderos y Ecoturístico, los cuales han desarrollado los respectivos sectores, con proyección internacional.

En los últimos 9 años, con el apoyo del Gobierno Nacional, la infraestructura vial del municipio mejoró considerablemente gracias al asfaltado de 12 barrios de la zona urbana, varias de sus calles principales e igualmente la conexión terrestre con otros municipios.

Entorno Regional
Jarabacoa tiene relación directa de orden territorial, vial, comercial y de servicios con los municipios de La Vega, Constanza y los Distritos Municipales de Buena Vista y Manabao. Con respecto al número de habitantes, Jarabacoa tiene la segunda población de la provincia, después del municipio de La Vega.